政府的行政效率低也是南非经济发展的阻碍之一。
南非境内的最大的雇主是政府。南非中央政府雇佣四十多万员工，各级地方政府雇佣九十多万，加在一起为140万人口提供工作岗位，占总人口的3%，更占到850万正式就业人口的16%。2012年，南非的公务员的总支出达到3800亿兰特，也就是说，国民经济总产值的12%都给政府雇员发薪水了。如果再加上国有企业里面的员工，这个数字会达到14%。在全世界来讲，这可能也算是很高的比例了。政府各项支出里面，雇员的薪资早就成了最大的一项。
如果说政府的底层雇员存在薪资水平略低于劳动力市场价格的问题，政府的中高层雇员，则绝对是在同等岗位的中位收入之上，高层政府官员的薪水更是可以与企业界的高层相比。即使是底层员工，与其工作能力以及受教育水平相比，其薪资水平也是略高于同等能力的劳动力价格的。所以整体来看，南非政府支付的薪水还算合理。
这么庞大的公务员队伍，如果都能好好干活，政府效率应该不错吧。实际上很不这么回事。南非中央政府整体表现还算好一些，几个省级政府简直可以说是糟糕透顶，大约只有包含着商业中心约翰内斯堡和行政首都比勒陀利亚的豪登省，含有立法首都开普敦的西开普省（民主联盟执政）还算不错。都市一级的政府，大约只有两个大城市开普敦和约翰内斯堡合格。南非的第一大反对党民主联盟经常拿所执掌的西开普省和开普敦市的行政效率与其他非国大控制地区比较，很是说服了不少人，认为民主联盟更有执政能力，这也成为民主联盟竞选的主要口号。至少在为民众服务上面，民主联盟的确表现得比非国大要好。
政府低效的一个重要原因就是腐败。南非在2012年开始对主要政府服务部门和省级政府的财政进行仔细审查，清查出来一大堆问题，发现大批资金不知去向。政府采购费用至少被浪费了20-25%。连非国大自己都已经过意识到，如果还想在2019年保持执政党的地位，在公共服务方面必须要好好改改了。但是打击腐败并不这么容易。新南非最大的腐败案军购案到现在还在一团雾里，调查委员会至今也没有公布出什么令人满意的结果；现任总统祖马的腐败案，行贿方已经被判有罪，受贿方却能够政治翻盘，并千方百计阻挠检方继续调查起诉；而2013年，南非又爆发了政府总共花费超过两千万美元为祖马盖私宅的问题。其他几个有些名气的腐败案，当事人虽然多少受到了法律惩处，但是似乎仍然受到非国大一些高层的公开支持，给人的信号时因腐败被判罪不仅是耻辱反而是光荣。在早期，非国大经常把爆出来的高层腐败案归结到政治迫害上面，但是这么久了，还把一个个的腐败案都描绘成政治对手的政治迫害，普通民众也开始不买账了。祖马在2013年忽然支持率大降，就与他花费公款建造私宅还死不认错这件事情有很大关系。
另外一个问题是无能。这与非国大上台后，很多白人技术官僚离职出现断层有关。曼德拉政府期间，有大量白人中层技术官僚因为各式各样的原因离职，导致政府的执行能力出现断层，新接手的人员无法胜任。不过非国大执政二十年以后，这似乎再也不能成为借口，毕竟二十年两代人的时间，怎么也能培养出合格的技术官僚了吧。事实上合格的技术官僚还是少见。特别是与民主联盟执政的地区比较后，人们发现这根本不应该成为借口，关键仍然在于政府自身的主观动力。目前南非的各级政府内政党化严重，在非国大执政的地方，不采取亲非国大的立场，或者加入非国大，职员升迁就会非常困难，甚至工作中会被穿小鞋。但是非国大自身的人才选拔机制也有问题，并不能把真正能干的人选拔出来。众多不称职的官员霸占关键位置，往往导致政府很多既定政策无法得到准确有效执行，甚至多个部门都有预算根本不知道如何去花而被收回的问题。
