1、进口许可
根据1963年颁布的南非进出口控制法的授权， 南非贸工部长负责发布禁止进口、限制进口以及其他受管理进口的商品目录。这些做法与世界贸易组织的规定是一致的。南非对进口商品一般是没有限制的， 只有某些分类的进口商品需要进口许可证， 这些分类目录也是经常修正的。
南非的进口许可制度主要是为监控一些敏感商品的进口，由需要进口许可证商品的名单组成。今后贸工部的方向是逐步取消进口许可而由关税代之。
最近几年， 限制进口商品目录中的商品在逐渐减少， 目前这些目录中包括鱼类、甲壳类和软体动物，某些蔬菜和农产品，石油制品，放射性化学品，某些矿产品，旧衣服和纺织品，破坏臭氧的物质，旧货以及赌博用的机器。
最近贸工部宣布， 对部分农产品将不再实行许可证管理，这些取消了进口许可证管理的商品包括干果，玉米，番茄，番茄汁和番茄酱，包装蔬菜和水果， 果酱和果冻。
进口商申请进口许可证需要在贸工部下属的进出口管理办公室进行注册登记。进口许可证不以进口商品来自的国家为限。进口许可证一旦颁发， 有效期至当年12月31日为止。进口商进口需要进口许可证的商品， 必须在货物发运前就申请， 否则将会被罚款。
2、海关关税
根据南非、博茨瓦那、莱索托、纳米比亚和斯威士兰5国关税同盟协定，5国实行共同关税。南非负责关税同盟的管理工作，根据实现安排的计算公式，各成员国获得关税收入以及再分配。
关税表目录是根据《协调的商品种类和编号体系》制定的，有两种类型的税率， 一种是对最惠国待遇国家的税率，一种是针对一般国家的税率。最惠国待遇的税率应用于从很多国家进口的商品，包括世界贸易组织成员国。而一般国家的税率则是针对来自一部分国家的进口商品， 从这些国家进口的商品不符合最惠国待遇的标准。当进口商品不是从原产地国家运来时，关税按照向南非出口国家的标准征收。
南非政府正在改革其原来种族隔离制度下形成的关税体制， 其关税结构在简化， 关税水平也在不断降低。关税总水平已经由原来的超过20％下降到12％。政府已经承诺到200年底将把9580个税号减少到7182个， 对关税的约束程度有现在的55％提高到98％。将所有的数量控制改为征收从价税， 并且使计算公式与世界贸易组织规定的原则相一致。把80多个不通水平的税号减少到只有6种水平， 即零关税、5％， 10％、15％、20％和30％，以及一些免税。
此外，南非原来的保护性关税制度主要是要鼓励国内工业的发展， 现在这些保护性措施已经大大缩减。现在南非的生产商都可以向贸工部申请关税保护， 但在批准的时候， 则要看该生产商的能力， 要证明其企业在国内市场所占份额以及来外国的竞争是否会侵蚀该企业在国内市场的优势。
对那些用于国内生产或在南非国内增值的进口品，可以退回或减免关税。进口商需要向进出口管理办公室咨询了解那些进口商品可以享受退税或减免税待遇。
从价税：
从价税的征收是根据进口商品的FOB价。在海关估价方面， 南非参加签署了关税与贸易总协定的第12条。该协议规定了5种计算报关价值的方法。第一项的表述是海关估价依据交易的价值， 其价格是进口商实际支付和可支付的货物价格加上发生的特定费用和成本。为了使交易的价值能接受，必须符合一定的条件，买卖双方很明显是毫无关系的。如果海关拒绝第一种方法，则可以采用以下几种方式：同样货物的交易价值、相同货物的交易价值、演绎推理方法， 再出售价格， 或利用生产成本、利润和其他支出参数计算出来的价值。协议规定海关估价可以依据FOB价格， 也可以依据CIF价格。其他方面的一些内容在其中也有描述， 例如清关速度、货币可兑换、申诉权以及公开法律规定等。
特惠税：
从南部非洲关税同盟成员国进口到南非的货物免征进口关税。成员国对从关税同盟区以外进口的关税征收统一关税， 关税在进口货物抵达的第一个口岸征收。征收关税的海关估价按照离开出口国的FOB离岸价格估价， 以WTO的海关关税估价码为准。
根据实施乌拉圭回合贸易协定的要求， 南部非洲关税同盟国家必须在10年内将关税下降24％，并且取消对发展中国家纺织品出口的配额限制。
经过4年的谈判， 南非与欧盟达成了自由贸易协定， 并于2000年1月开始实施。双方将在今后10－12年里使90％的贸易实现自由化。200页的贸易协定囊括了10，000种产品。这项协议也许会扩展到南部非洲关税同盟的其他成员国。同时， 在南非加工的其他南部非洲关税同盟成员国的产品将享受免费出口到欧洲的待遇。目前， 南非还在与
肯尼亚和韩国讨论签署自由贸易协定。
